El título es bastante descriptivo. El problema se debe a un temita con Compiz, que debo admitir rompe bastante los quinotos. Por suerte, la solución es muy simple, les paso los pasos:
1. Abrir una terminal
2. Ejecutar los siguientes comandos (uno a uno):
sudo mv npviewer.bin npviewer.bin.real
sudo nano npviewer.bin
Cuando se abre el nano, se deben pegar las siguientes dos lineas:
#!/bin/sh
GDK_NATIVE_WINDOWS=true /usr/lib/nspluginwrapper/i386/linux/npviewer.bin.real $*